После установки билдера от Flex 3 beta 2 я начал доводить его до рабочего состояния, и на первом же этапе, при установке Subclipe меня обругали и попросили org.eclipse.jdt.core. Не долго мучаясь, времени было в обрез на любование новой штукой, я обновил практически весь Eclipse, и потом поставил все что мне нужно. Но минус в таком способе такой, что с нужной нам org.eclipse.jdt.core ставится куча разного хлама который мешает жить и еще плюс ко всему лезет в help 
Но нашёл более правильное решение, уже дома не спеша, без глобализма так сказать.
Делаем так:
Help > Software updates > find and install > search for new features to install > Europa Discovery Site ( тут убираем галку с “ignore features not applicable to this environment” > (выбираем откуда качать) > Java Development > Eclipse Java Development Tool 3.3.1.
Вот собственно и все. Дальше можно уже ставить свои плагины без проблем.
ps. надеюсь я не последний до этого додумался